人类对自身心智奥秘的探索伴随着人类文明的产生就已开始，但以前都只是包含于各种古老的哲学和宗教的领域中。从十九世纪开始，以物质世界为研究对象的自然科学获得了突飞猛进的发展，成为了当今社会的主导科学，以人和社会关系为研究对象的人文社会科学也一直占有相当地位，而直至1879年德国心理学家冯特建立世界上第一个心理学实验室，心理学才从古老的哲学中分离出来而成为一门独立的学科，西方才开始运用科学方法对心智进行研究。

　　最初，对于应该如何处理心理学，有两个颇为不同的派别，其一称为内省主义introspectionism，另一个是行为主义behaviorism。当时德国的内省主义心理学家虽然试图直接观察自心，但他们幷没有什么真正的方法去向内观察自心。而行为主义者则认为心理学可以和经典物理学一样采取同样做法，单纯观察外在的行为，建立一套完全客观的心理学。由于经典物理学思想的影响，后来行为主义一直成为了心理学的主流。在廿世纪五十年代后期与六十年代初，行为主义的缺失清楚地显露出来，他们完全忽略了作为主体的人以及其与世界间的相互关系，他们设计的一些典型实验如学习与记忆的实验绝大部分是以动物作实验对象而非人类本身，而且这些实验大部分是人为干预下得出的一种模式，只反映了一种很特殊状态下的规律，实际上动物包括人类在它们的自然的生存环境中，幷不会做诸如行为主义的学习理论中所说的那些事。与行为主义的心理学不同，西方的精神分析学派则独辟蹊径，试图通过对精神活动(包括梦、无意识活动等)的分析来解读人类精神活动，虽然他们的许多说法只是推测和猜想，但他们探索人类自身精神活动的尝试在现代社会产生了广泛的影响，亦由此可见人类对自身心智奥秘的关注程度。

　　心智科学目前存在的主要问题是它仍然以假想的模式在探讨心智问题，只能相似地反映心智的部分的、表面的、粗浅的活动或性质，而没有办法直接观察人的自心。心智研究面临的最主要困难是心理现象不同于物质现象，物质可以分解成微粒子，可以控制它的分解与聚合，而心理现象的本质是什么？怎么样的独特方式才能瞭解到心理现象的本质？心理是不是可以控制？心理现象与物质现象的关系是什么？作为心理活动的高级表现形式的智慧是如何产生的？到二十世纪八十年代，许多医学家、神经生理学家和认知科学家开始注意到心理对生理产生的作用，也就是精神现象与物质现象的交互作用。特别是美国哈佛大学的一个研究小组与藏传佛教界合作，对藏传佛教中的关于心智问题的研究以现代科技手段进行了初步的探索性研究，并于二000年在哈佛大学和印度举行了两次有多学科专家参与的心智科学研讨会，并集结了两本讨论文稿《心智科学：东西方的对话》、《揭开心智的奥秘》，让科学界了解到以“内观”(现学术界称为“内证实验”)这一个全新的角度来研究人类的心智，也让人们了解了心智科学作为一个综合性的交叉学科将对人类知识结构产生的巨大影响，所以他们的研究有许多启示意义。但他们的研究还停留在初步阶段、探讨阶段。主要的困难在于研究者本身不具备内证经验，研究者本人不能进行内证实验，仅以旁观者角度描述，未免只停留在现象和表层。所以心智科学的真正意义的系统研究应当具备这样的条件：研究者本身具有内证经验，具有甚深行证，研究者根据内证经验来设计内证实验，运用现代科技手段来获取实验数据，并由此而建立量化的理论模型，再以所得之理论成果运用于各个学科领城，从而促进人类的进步和社会的发展。而这项心智科学的真正意义的系统研究工作是由郑源国导师首创的，郑源国导师可谓开创了二十一世纪心智科学深入研究之先河。

　　同时，二十一世纪是生命科学的世纪，生命科学的研究由最初的对动植物进行观察和分类，发展到今天已是分子生物学如火如荼的时代。在过去的50年里，科学家们热衷于某单个特定的基因或蛋白质的寻找，从而在分子水平上据个别的基因或蛋白质来解释生命活动，然而，随着生命科学的进步和后基因组时代的到来，人们认识到生命活动实际上是一个由成千上万种基因、蛋白质和其它化学分子相互作用构成的复杂系统，不是单因素的线形系统，而是一个网状结构，于是科学家们开始着眼于基因组和蛋白质组的研究，即以同一类生物分子为研究对象。在世纪之交，生命科学的研究方式又发生了进一步的演化——开始以一个生物现象为研究对象，即与某生物现象相关的蛋白质间的相互作用关系和信号通路的研究。生命科学的研究即将步入一个大规模集约型研究，步入大规模、高通量的发展时代，也是一个多学科交叉的时代。

　　生命现象是一种复杂系统的整体行为。科学家们可以比较容易地解读大量生物物种的遗传密码，在生命科学基础研究和相关生物工程技术中取得更加成熟和突破性的进展。然而，在认识人类自身的生命本质问题上仍是一无所知。生命体的智力从何而来？这个问题的解答在生命科学的发展中是个难以突破的瓶颈问题，它的破解将会巨大地改变人类的知识结构。科学家们可以对单一神经元的活动了如指掌，却对数以百亿计的神经元组合成的大脑如何产生出智力而束手无策，更何况这些智力本身又是如何发挥作用的呢？生命的复杂意识活动是如何在生物这一复杂有机体的物质基础上产生并作用的呢？由于生物技术、基因技术和信息技术的发展，生命现象的物质基础正在逐步揭开，而人类心智的奥秘就成了下一个最具挑战性的领域。在许多世界知名大学如哈佛大学、麻省理工、斯坦福大学、东京大学都设有心智科学研究中心，我国清华大学也正在筹备成立心智与认知科学研究中心。对心智科学的深入、系统研究，已经成为现代科学关注的一个焦点，而现代科学技术特别是生命科学研究的发展也为心智科学的研究提供了可能的物质基础和技术手段。